En 1952, les Mau-Mau, membres d'une société secrète kikuyu, se révoltèrent contre les autorités et les colons britanniques. La révolte des Mau-Mau (1952-1956) fut violemment réprimée. La répression frappa l'ensemble des Kikuyu sans distinction: 13 000 d'entre eux furent massacrés, 80 000 internés, et l'État d'urgence ne fut levé qu'en 1960. Le leader Kenyatta fut emprisonné pour complicité présumée avec les Mau-Mau. Mais les changements étaient désormais incontournables, les autorités coloniales ayant favorisé la constitution d'une classe moyenne africaine en encourageant les autochtones à s'engager dans les cultures d'exportation. En 1957, les petits planteurs africains furent autorisés à élire huit représentants au Conseil législatif de la colonie.

Le mouvement indépendantiste, durant ce temps, se structura. En 1960 fut fondée l'Union nationale africaine du Kenya (Kenya African National Union ou KANU), dont Jomo Kenyatta prit la direction après sa libération, l'année suivante. La KANU s'appuyait sur les deux principales ethnies (les Kikuyu et les Luo) et favorisait la création d'un État centralisé. Les leaders Ronald Ngala et Daniel arap Moi firent rapidement scission, entraînant les ethnies minoritaires opposées à la domination des Kikuyu. Ils fondèrent l'Union démocratique africaine du Kenya (Kenya African Democratic Union ou KADU) qui visait à préserver les droits des minorités.

Une conférence constitutionnelle prépara l'accession à l'indépendance, qui devint effective le 12 décembre 1963. Kenyatta, dont le parti avait remporté les élections, devint président de la nouvelle République indépendante.