C'est dans la Rift Valley, au Kenya et en Tanzanie, qu'ont été faites les grandes découvertes d'australopithèques datant de deux à trois millions d'années. Le Kenya est occupé à l'origine par des populations proches des Bochimans. Durant le Ier millénaire avant notre ère, des agriculteurs bantous (entre autres les Kikuyu, les Kamba et les Luyia) s'établirent sur les hauts plateaux, près des bords du lac Victoria. À partir du XIe siècle, des populations nilotiques, venues du Nord, introduisirent l'élevage des bovins et développèrent de puissants royaumes.

Les Massaï, des pasteurs-guerriers d'origine nilotique, seraient arrivés au XVIIe siècle par le nord du lac Turkana. Laissant les hauts plateaux aux riches terres volcaniques aux Bantous, les Massaï préférèrent s'établir dans les plaines du Centre et du Sud. En 1830, leur territoire s'étendait du nord-est du lac Victoria jusqu'à la latitude de l'île de Zanzibar, une barrière que les marchands swahilis, puis les Européens, ont dû contourner par le sud pour parvenir jusqu'à la région des Grands Lacs.